莱州湾生态监控区 生态系统处于不健康状态。水体富营养化严重，氮磷比严重失衡，春季，60%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准；秋季，80%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准。部分生物体内砷、镉、铅和石油烃的含量偏高。生物群落结构状况异常，浮游植物和浮游动物数量春季高于正常波动范围，物种多样性和均匀度较差，浮游植物平均密度为610×104个细胞/立方米，物种多样性指数变化范围为0.003～3.25，平均为1.28，均匀度变化范围为0.002～0.91，平均为0.38；小型浮游动物平均密度为70 775个/立方米，物种多样性指数变化范围为0.06～1.30，平均为0.64，均匀度变化范围为0.03～0.90，平均为0.34；春季底栖生物平均栖息密度低于正常波动范围，为185个/平方米，物种多样性指数一般，春季变化范围为0.49～3.71，平均为2.35，自2004年以来逐年降低。产卵场退化，鱼卵和仔鱼的种类少，密度低。栖息地状况较差，80%海域沉积物主要组分发生明显变化。
近几年的监测结果表明，陆源排污量增多、湿地减少和黄河径流入海量减少等导致了莱州湾海域环境质量下降，海洋经济生物产卵场萎缩，渔业资源衰退，底栖生物多样性下降。此外，2001年从江苏引种的泥螺成为莱州湾入侵种，分布范围逐年扩大，目前超过80%的潮间带滩涂均有泥螺分布。在局部区域，泥螺已替代土著种类托氏昌螺成为优势种，最高栖息密度达160个/平方米以上。
苏北浅滩生态监控区 生态系统处于亚健康状态。秋季，75%水域活性磷酸盐超三类海水水质标准，秋季水体富营养化严重，氮磷比失衡。部分生物体内石油烃和镉含量偏高。生物群落结构状况较差，主要生物类群数量明显低于正常波动范围，春季底栖生物平均栖息密度和生物量分别为0.28个/平方米和0.17克/平方米；夏季底栖生物平均栖息密度为0.48个/平方米，平均生物量为0.31克/平方米。鱼卵数量持续增加，达到167个/立方米。
四年的连续监测结果显示，由于苏北沿岸自然保护区管理力度加大，使得该生态区健康状况基本稳定，渔业资源略有恢复，鱼卵和仔鱼数量逐年微升。但是区域环境污染、渔业资源衰退，特别是潮间带底栖生物多样性急剧减少等生态问题尚未得到有效遏制，其主要原因是陆源排污和滩涂围垦等。
长江口生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体呈严重富营养化状态，氮磷比严重失衡，春季，20%水域活性磷酸盐含量劣于四类海水水质标准，70%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准；秋季，52%水域活性磷酸盐含量超三类海水水质标准，65%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准。部分生物体内砷、镉、铅和石油烃的含量偏高。生物群落结构状况较差，浮游植物物种多样性和均匀度较差，夏季物种多样性指数变化范围为0.48～2.74，平均为1.41，均匀度变化范围为0.16～0.70，平均为0.38；浮游动物密度低于正常波动范围，春季和夏季浮游动物的密度分别为470个/立方米和2 287个/立方米。产卵场退化，鱼卵和仔鱼的种类少，密度低。
监测结果显示，与20世纪90年代前相比，长江口门内区域浮游生物、底栖生物和潮间带生物种类数都呈明显下降趋势。生物群落结构也发生显著变化，浮游植物硅藻比重减少，甲藻增加；底栖生物向小型化及非经济生物种类演变，经济价值明显降低；国家保护物种如白暨豚和胭脂鱼等几乎灭绝。长江口生态系统更加脆弱，外来海洋生物入侵风险增大。影响长江口生态系统健康的主要因素是陆源排污、长江来水量不足和滩涂围垦等。
杭州湾生态监控区 生态系统处于不健康状态。水体呈严重富营养化状态，氮磷比严重失衡，全部水域无机氮含量及部分水域活性磷酸盐含量劣于四类海水水质标准。部分生物体内石油烃和铅含量偏高。生物群落结构状况较差，春季和夏季浮游植物细胞密度明显高于正常波动范围，平均密度分别为20 850×104个细胞/立方米和27 100×104个细胞/立方米；春季和夏季底栖生物栖息密度低于正常波动范围，分别为6.67个/平方米和12.85个/平方米；潮间带生物多样性急剧减少，30%以上的站位未采到生物。鱼卵和仔鱼的种类少，密度低，春季鱼卵和仔鱼平均密度分别为1.14个/立方米和0.45尾/立方米。
连续四年的监测结果显示，杭州湾生态系统始终处于不健康状态,主要生态问题是环境污染和围填海造成的生物多样性下降。长江、钱塘江、甬江及曹娥江每年携带大量污染物进入杭州湾水域，严重影响了杭州湾海洋生态系统健康，造成海域生物多样性下降。围填海工程占用了大量滩涂湿地面积，侵占了潮间带生物栖息地，破坏了潮间带生物资源。
乐清湾生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体富营养化严重，氮磷比失衡，全部水域活性磷酸盐含量超三类海水水质标准；大部分水域无机氮含量劣于四类海水水质标准。部分生物体内砷、镉和铅含量较高。生物群落结构状况异常，夏季浮游植物细胞密度高于正常波动范围，平均密度为7 524×104个细胞/立方米；春季浮游动物密度明显低于正常波动范围，平均密度为871个/立方米。栖息地面积减少，20世纪50年代以来，约38％的海涂已被围垦，面积达82.9平方公里。湾内流场和水动力条件改变，致使底质环境发生变化。
连续四年的监测结果表明，乐清湾生态系统存在的主要生态问题为富营养化、环境污染、生境改变或丧失。主要影响因素是陆源排污、围海造地、不合理的海岸工程和海水养殖。
闽东沿岸生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体富营养化加重，无机氮含量增高，劣四类海水面积扩大。部分生物体内砷、铅、镉、总汞和滴滴涕含量较高。生物群落结构状况一般，浮游植物数量高于正常波动范围，物种多样性和均匀度处于一般水平，春季浮游植物平均密度为5 818×104个细胞/立方米，物种多样性指数变化范围为0.46～3.73，平均为2.14，均匀度变化范围为0.12～0.80，平均为0.48；底栖生物密度低于正常波动范围，物种多样性处于一般水平，春季平均栖息密度为117个/平方米，是正常值的39%，物种多样性指数变化范围为0.94～3.79，平均为2.41。
宁德市的红树林是我国大陆红树林自然分布的地理北界，种类较单一，以秋茄为主。近年来，由于工程建设侵占、盲目砍伐、海洋污染及互花米草的蔓延，红树林面积逐年减少。红树林生态系统特别保护区建立后，加强了天然红树林保护，目前，全区红树林面积保持在111公顷。
闽东沿岸生态监控区鸟类栖息地众多，鸟类资源丰富，包括国家一级保护鸟类遗鸥，国家二级保护鸟类黄嘴白鹭、鹗等等。受围填海影响，沿岸栖息地面积缩小，珍稀鸟类生存环境受到威胁。
连续四年的监测结果表明，闽东沿岸生态系统的主要生态问题为富营养化、生物多样性降低和生境受损。主要影响因素是陆源排污、围海造地和资源过度开发。
大亚湾生态监控区 生态系统处于亚健康状态。海水氮磷比失衡。部分生物体内铅和镉含量较高。生物群落结构状况异常，浮游植物数量高于正常波动范围，物种多样性较差，均匀度一般，春季浮游植物平均密度为689×104个细胞/立方米，物种多样性指数变化范围为1.03～2.43，平均为1.83，均匀度变化范围为0.30～0.65，平均为0.51；底栖生物密度低于正常波动范围，物种多样性和均匀度处于一般水平，春季平均栖息密度为88个/平方米，物种多样性指数变化范围为0.65～3.89，平均为2.04，均匀度变化范围为0.14～0.90，平均为0.46。
大亚湾天然红树林主要分布在西北部的白寿湾和东北部的范和港，多年来红树林已受到严重破坏，目前面积不足0.04平方公里。大亚湾沿岸适合红树林生长的滩涂较多，2000年，惠州市开始筹建红树林自然保护区，种植人工红树林；2005年，在大亚湾红树林园内，新植红树林树种成活率达到95％以上，红树林品种已达6种，林木面积超过180亩，人工红树林已基本形成群落，长势良好。
天然红树林被虾池鱼塘吞噬 人工红树林郁郁葱葱
近年来，由于大型石化工厂及其配套港口的建设，附近水域的海底生境已发生很大改变，鱼、虾、蟹、贝类的产卵场、索饵场、越冬场和洄游通道均遭到不同程度的破坏。大亚湾渔业资源衰退，海洋捕捞产量逐年下降，渔获物质量降低。
连续四年的监测结果表明，大亚湾生态系统存在的主要生态问题为生境改变、生物群落结构异常和环境污染。主要影响因素是围填海、“热污染”和陆源排污。
珠江口生态监控区 生态系统处于不健康状态。水体呈严重富营养化状态，氮磷比失衡，近80%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准。部分生物体内铅、镉、六六六和石油烃含量偏高。栖息地变化较大。生物群落结构状况较差，赤潮生物种类和数量在珠江口浮游植物组成中均占有明显的优势，浮游植物密度高于正常波动范围，物种多样性、均匀度较差，夏季平均密度为11 562×104个细胞/立方米，物种多样性指数变化范围为0.06～2.51，平均为0.82，均匀度变化范围为0.02～0.97，平均为0.33；浮游动物密度明显低于正常波动范围，春季和夏季密度分别为1 461个/立方米和1 468个/立方米。
珠江口北部海区航道工程严重影响了底栖生物生存环境，大型底栖生物极少，生物多样性较差，优势种变化较大。海区主要产卵种类为经济价值较低的小型鱼类，经济价值较高的舌鳎科等鱼类资源衰退。珠江口海区浅近海的颌圆鲹和中国枪乌贼种群处于充分开发状态，齿蛇鲻、花斑蛇鲻、蓝圆鲹、金线鱼和黄鳍马面鲀种群存在不同程度的过度开发。
珠江口海区的中华白海豚种群资源量最为丰富，且种群世代最完整。但近几年来，珠江口大型海洋工程的不断开发，频繁的船只来往，以及环境污染和过度捕捞等都对中华白海豚的数量产生影响。
连续四年的监测结果表明，珠江口生态系统存在的主要生态问题为富营养化、环境污染、生物群落结构异常、渔业资源衰退和生境改变。历年丰水期无机氮的平均含量均劣于四类海水水质标准；贝类、鱼类和甲壳类体内铅含量普遍上升；赤潮生物始终是珠江口浮游植物的主要组成部分，其种类和数量均占明显优势，容易诱发赤潮；浮游植物个体数量有由春季高于夏季向夏季高于春季转变的趋势，群落结构趋向简单化。主要影响因素是陆源排污、围填海和过度捕捞。
